Personne ne connaît vraiment l'organisation Akatsuki. Neuf ninja sont à sa tête, manquant bien sûr Orochimaru qui l'a quitté précipitement. Ils agissent dans l'ombre sans se faire remarquer. La plupart des membres sont classés criminels de rang S dans le Livre Bingo, le répertoire des grands criminels, et considèrés comme meilleur shinobi de leur village. On les reconnaît à leurs grande capes noires, où l'insigne du clan y figure : un nuage rouge (ca devait faire moche une lune rouge). Ils portent aussi chacun une bague avec un symbole différent sur chaque bague (voir Fuuin Jutsu, Genryuu Kyuu Fuujin un peu plus bas). Ils se sont groupés par deux pour entammer une quête secrète. Elle dure depuis maintenant 3 ans...

Les Nukenin sont des membres exilés d'un pays. c'est pour cela qu'ils portent fièrement un bandeau avec le signe barré du village d'origine. Chaques groupes ont pour mission de trouver les différents Jinchuriki dicéminé dans le monde.

Orochimaru Nukenin Konoha Aprés sa fuite de konoha, Orochimaru a rejoint l'organisation Akatsuki. Il l'a quitté peu de temps aprés car il a peur de la puissance de ses membres, surtout d'Itachi.

Uchiwa Itachi Nukenin Konoha Techniques Spéciales Tsukuyomi, Amaterasu. Il est à l'origine du massacre du clan Uchiwa. C'est aussi le grand frère de Sasuke. c'est un utilisateur du Magekou Sharingan, l'évolution suprême de ce Doujutsu. Il est chargé avec Kisame de retrouver le Jinchuriki de Kyuubi.

Hoshigaki Kisame Nukenin Kiri Techniques Spéciales Suiton : Suikodan, Mizu Bunshin, Suirou, Suiryuudan. (Vu dans la Part.1) Il utilise les techniques des sept angles du katana tout comme Zabuza. Son arme est Samehada, une épée vivante. Selon lui, elle ne coupe pas, elle déchire. Il est recherché pour avoir tué le Daimyo, et projetait de renverser le pays de l'eau. Il est chargé avec Itachi de retrouver le Jinchuriki de Kyuubi.

Zetsu Nukenin Kusa Techniques Spéciales ... Ce ninja a la capacité de se mélanger avec la nature. Il est entouré d'une plante carnivore, et a un visage à double face. Quand il parle seul, on a l'impression d'entendre trois personnes qui discutent. C'est aussi un amateur de chair humaine ...

Deidara Nukenin Iwa Techniques Spéciales ... C'est un sculteur d'argile, qui utilise son chakra dans ses oeuvres. Il peut ainsi rendre vivant tout ce qu'il fait de ses mains. Il est chargée avec Sasori de retrouver le Jinchuriki du Shukkaku.

Akatsuna No Sasori Nukenin Suna Techniques Spéciales ... Petit fils des anciens du village Suna, c'est un inventeur de génie. Il a créé les marionettes qu'utilise Kankuro. Il est lui même sujet à ses expériences, rendant son corps articulé comme l'une de ses créations. Il est chargé avec Deidara de retrouver le Jinchuriki du Shukkaku.

Fuuin Jutsu ! Genryuu Kyuu Fuujin !

Pour la réussite de la technique, l'incantation devra durer trois jours et trois nuits avec dix membres. Orochimaru n'étant plus là, cela devrait durer un peu plus longtemps. Chacun des membres a une bague qui symbolise un doigt de chaque main. La fusion des sceaux, inscris sur les bagues, permet de commencer la procédure. Le géant à neuf yeux (voir photo de gauche) absorbe le Youma du Jinchuriki (voir photo en dessous).