Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.

Le film débute sur la mort de Naruto, celui-ci se fait transpercer la poitrine par un monstre nommé Mōryō. En réalité, il s'agit de la prédiction d'une Prêtresse qui peut voir l'avenir de ceux qui vont mourir. Celle-ci a également le pouvoir de sceller le grand pouvoir de Mōryō.

Ensuite, un expert en ninjutsu médical, Yomi, s'ouvre lui-même la poitrine à l'aide d'un scalpel, tout en demandant à Mōryō d'être son réceptacle afin de causer la fin du monde. Quand Mōryō prend le corps de Yomi, il réveille en même temps l'armée des fantômes de l'ombre, de puissants combattants que Kakashi, Gaï, Shikamaru, Temari et plusieurs ninjas et chunins et jounins de Konoha ont du mal à éliminer.

Quand Naruto, Neji, Lee et Sakura vont au bureau de la Cinquième Hokage Tsunade, ils reçoivent pour mission de protéger la Prêtresse contre les quatre disciples de Yomi.
Le tout premier disciple est battu par Lee très difficilement. Au début du combat, Lee pense pouvoir le battre très facilement grave sa fleur de Lotus, mais, après la première attaque, il se relève, Lee décide alors d'ouvrir les cinq premières portes. Mais il ne parvient toujours pas à le vaincre et va donc tenter d'ouvrir la 6éme porte, sans y parvenir. Il repense alors à ce que Gaï lui a offert, un bonbon au chocolat à utiliser en extrême urgence, car fait à base de sake, que Lee ne supporte pas. Il lui suffit alors de le manger et de mordre l'adversaire pour que celui-ci explose. Suite à la mort du premier disciple, les autres décident de fuir. Alors Sakura qui avait pris l'apparence de la Prêtresse reprend la sienne, la Prêtresse, quant à elle, avait pris l'apparence d'un de ses gardes, Tahuro.
Les trois disciples restant reviennent et tuent Tahuro, en pensant qu'il s'agit la Prêtresse. Les trois Ninjas de Konoha partent alors à leur poursuite. Neji décide alors de tuer le plus fort des disciples avec les 64 poings du Hakke destructeur. Lee en tue un autre par un coup de pied à la poitrine. Sakura en fait autant d'un coup de poing.
Alors que Naruto avance tout droit vers le sanctuaire pour sceller Mōryō, il rencontre plusieurs monstres de l'armée des fantômes de l'ombre. Il demande à la Prêtresse de rentrer dans le sanctuaire pour y sceller Mōryō et reste dehors pour combattre les monstres, il parvient à en tuer environ cent, et grâce à Kakashi, il peut rentrer dans le sanctuaire. Pendant que Kakashi s'occupe des monstres à l'extérieur, grâce au Raikiri (technique de foudre (type Raiton)), Naruto entre dans le sanctuaire où la Prêtresse a prédit sa mort. À ce moment, la prédiction est sur le point de se réaliser, mais ce dernier n'est pas transpercé grâce à un charme porte-bonheur que lui avait donné la Prêtresse et qui le protège de toute attaque avec une lame ou une arme pointue. La Prêtresse utilise une technique de sceaux, qui consiste à sceller Mōryō en échange de sa vie. Mais juste avant qu'elle ne meurt, Naruto stoppe la technique, ayant juré sur sa voix de Ninja qu'il ne la laisserait pas mourir. Pour tuer Mōryō, Naruto utilise alors le Rasengan, l'orbe tourbillonnante, avec son chakra et celui de la Prêtresse.